Sede del museo è il monastero benedettino femminile di San Salvatore e Santa Giulia, fondato nel 753 d.C. dal re longobardo Desiderio.

Il complesso occupa la zona nord-orientale della città antica dove, nel corso dei secoli, si sono sovrapposte e stratificate notevoli testimonianze archeologiche e monumentali.

Emblematico è il caso della basilica di San Salvatore (sec. VIII) con la sottostante area archeologica (domus romane, in uso dalla metà del I alla metà del V sec.). L'area del monastero, che comprende le chiese di Santa Maria in Solario (sec. XII) e di Santa Giulia (secc. XV - XVI) e tre chiostri rinascimentali, fu acquisita, dopo la soppressione napoleonica, dal Comune di Brescia il quale, nel 1882, inaugurò nella chiesa di Santa Giulia il Museo dell'Età Cristiana.