Il Museo ripercorre la storia degli insediamenti umani antichi della Valtenesi, attraverso le vicende susseguitesi in tre siti diversi: la Rocca, il Sasso di Manerba e la Pieve di Santa Maria. 

L'attenzione del visitatore può, così, spaziare dalle importantissime testimonianze di un insediamento del periodo neolitico (4000 a.C. ca.), per la costruzione del quale vennero terrazzate - con il supporto di poderosi muri di contenimento - le pendici NW della Rocca; ai materiali rinvenuti nella necropoli dell'età del Rame sotto il Sasso di Manerba; alla deposizione rituale, forse associata ad un santuario all'aperto, di spilloni in bronzo della prima età del Ferro sulla sommità della Rocca; ai resti delle ville romane individuate ai piedi della Rocca e nella zona della pieve di S. Maria; ai manufatti provenienti dagli edifici altomedievali individuati nell'area della pieve; al sistema di fortificazioni medievali, ancora sulla Rocca.